Sakura, principessa del Regno di Clow, ha strane visioni riguardanti un misterioso simbolo e luoghi da lei mai visitati. Il suo amico d'infanzia Shaoran, un giovane archeologo, durante una spedizione con il padre scopre tra alcune rovine lo stesso simbolo visto dalla ragazza. Sakura, in visita all'amico, appena visto il simbolo cade in uno stato di trance e, dopo averlo toccato, si ritrova sospesa a mezz'aria circondata da ali diafane. Spinta dentro al muro da una forza misteriosa, viene salvata all'ultimo momento dall'amico, che non riesce però ad evitare che le sue ali vengano spezzate e le loro piume sparse in tutte le dimensioni. Yukito, il Sommo Sacerdote del Regno di Clow, capisce immediatamente che le "ali" di Sakura non erano altro che una manifestazione della sua anima e dei suoi ricordi: senza di loro, la ragazza non può sopravvivere. Per salvare Sakura, Shaoran intraprende un viaggio per recuperare tutti i ricordi della ragazza.
Yukito decide di mandare i due ragazzi dalla Strega delle Dimensioni, Yuko, uno dei protagonisti di xxxHOLiC. Qui incontrano Kurogane, un ninja del Giappone antico esiliato dal suo mondo dalla Principessa Tomoyo, e Fay D. Florite, un mago in fuga dal suo mondo e dal Re Ashura. Tutti e 4 devono pagare un prezzo per potere avere il potere di attraversare le dimensioni: la cosa che loro considerano più importante. Per Kurogane è la spada Ginryu, lasciatagli da suo padre, per Fay il tatuaggio sulla schiena che regola il controllo della sua magia. Il prezzo per Shaoran e Sakura è il loro rapporto: anche se il ragazzo sarà in grado di recuperare tutte le piume, Sakura non ricorderà il suo passato con lui. Dopo che tutto il gruppo ha accettato le condizioni, Yuko gli dona il potere di attraversare le dimensioni: una creatura bianca dal nome Mokona Modoki.
Durante il loro viaggio fra i mondi il gruppo è costretto a superare molti ostacoli e molti nemici che desiderano impossessarsi delle piume di Sakura, oggetti che possiedono al loro interno un enorme potere magico.